崇焕叱之曰：“文龙一布衣尔，官极品，满门封荫，足酬劳，何悖逆如是！”乃顿首请旨曰：“臣今诛文龙以肃军。诸将中有若文龙者，悉诛。臣不能成功，皇上亦以诛文龙者诛臣。”遂取尚方剑斩之帐前。——《明史·列传·卷一百四十七》
明天启、崇祯年间，东江镇总兵毛文龙部以辽东沿海金州、朝鲜皮岛一带为根据地，屡次袭击后金的后方，为牵制后金主力部队的南下立下了不少功劳。
然而，随着东江军规模的不断膨胀，毛文龙等人要求朝廷大量粮秣却听调不听宣的独立化趋势也逐渐引起了明廷的担忧。
公元年，当凭借着“五年平辽”的海口引得崇祯帝朱由检心花怒放的袁崇焕当任辽东总兵后，同样是眼睛里容不得沙子的袁崇焕也逐渐对态度傲慢的毛文龙心生不满。
同年五月，以阅兵为由前往皮岛的袁崇焕在得到毛文龙不愿返乡的试探性回答后便正式下定决心，以十二罪为名矫诏将其杀害。
与此同时，为防止东江军在主帅毛文龙死后人心涣散、投降后金，袁崇焕还特别请示崇祯帝削减东江军制。
因此，孔有德、耿仲明、李九成、李应元等本就对袁崇焕擅杀毛文龙的举动寒了心的东江嫡系们纷纷跟随登州巡抚孙元化（火器专家）前往山东驻防。
应该认识到的是，尽管此时的孔有德、毛承禄等人还没有和朝廷公开决裂，但他们对明廷必然持有怀疑态度，抗金的态度也就逐渐暧昧了起来。
等到公元年八月，祖大寿受困大凌河城内，得到孙元化急令的孔友德等人率八百骑兵从十月自陆路出发准备从海边坐船前往辽东支援，结果却硬生生地走了近两个月，并且耗尽了粮秣。
天聪五年，太宗伐明，围大凌河城。元化遣有德以八百骑赴援，次吴桥，大雨雪，众无所得食，则出行掠。——《清史稿·列传·卷二十一》
要说明廷不给他们这些抗金士兵粮食倒也错怪了孙元化等人，只是谁也没想到心怀不满的孔有德等人会如此的磨叽。
加之士卒军纪涣散，走到吴桥的孔友德军很快便与当地的官吏、世家大族们产生了矛盾。
孔友德一不做二不休，干脆在李九成、李应元父子的煽动下叛变，于山东境内连下数城，震惊朝野！
可悲的是，此时的明廷内部仍以党争为第一要务。一方面，反对巡抚余大成、孙元化的大臣们纷纷指着他们贪污军饷、放任士卒以至于发生如此巨变，
而另一方面，朝中东林分子和支持孙元化的一派，则心存侥幸，主张招抚叛军。
如此互相倾轧的政治生态直接导致了因朝廷举棋不定的行为下山东糜烂局势的出现。
面对孔有德等自皮岛抗金前线退下来的骄兵悍将，当时的山东巡抚余大可也曾派遣中军沈廷谕、参将陶廷鑨等率数千山东军前往平叛，无奈久经和平的山东军战力大降，很快便为其击破。
就连重镇登州也为总兵张焘的里应外合下迅速被破，侥幸在孔有德的屠刀下留的一条命的孙元化日后也因此为朝廷问斩。
与此同时，与孔有德交好的东江镇旅顺副将陈有时和广鹿岛副将毛承禄（毛文龙从子）也起兵响应，割据了大半个东江镇。
当时的东江镇总兵黄龙别说是出兵山东平叛，能不能保住自己的东江镇还是一个未知数，只得将所有的重心都放在平定东江内部的叛军上。
好在，随着明廷招抚政策的失败，正式下定决心平叛的明廷从周围的省份源源不断地抽调来了精兵强将。
公元年八月，在经历了中国战场上少有的一次大规模火炮战争后，孔有德兵败于沙河的祖大弼、张韬等关外兵，莱州之围遂解。
而在一路追击残敌后，同年九月初一日，明军各路也俱至登州开始围城，并以火炮攻城。加之城中的粮食日益匮乏，
公元年（崇祯六年）二月十三日，孔有德率叛军近万人突围，弃城登船而逃，山东全境得以光复。
不过，驻守在旅顺、长山、鹿岛的明总兵黄龙，已经预计到孔有德兵败后必经长山、旅顺而投奔后金，早已严阵以待，周文郁等也穷追不舍。
孔有德部在旅顺一带登陆后，黄龙率兵伏击，擒获孔有德部将毛有顺、毛承禄等人，大败叛军。
直至同年四月，一路仓皇而逃的孔有德、耿仲明等人方才率叛军及家眷多人在鸭绿江口与济尔哈朗、阿济格、杜度率领的后金兵会合，以剃发的方式换取了后金的接纳。
“本帅现有甲兵数万，轻舟百馀，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？”——《孔有德致书皇太极乞降手本》
然而，叛乱虽平，却给本就摇摇欲坠的明廷带来极其巨大的打击。
不仅仅是因为平定登州之乱的过程中损伤了数万本应在前线抵御后金的精锐将士和十数位良将以及数之不清的战舰、钱粮、大炮。
更关键的在于，投降后金的孔友德、耿精忠等人作为后金平定天下的马前卒为他们带去了皇太极梦寐以求的精锐火器和工匠，致使后金的武器制造和铠甲得到了极大程度的改善。
反观明朝，因战乱荒芜的登州、东江等地也无力再承担起从海上牵制、进攻后金后方的重任，逐渐丧失了战略主动权。
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